Según lo que cuentas, si dejas el buscador así:
Código HTML:
<form action="index.php?mod=search" method="get" class="search">
En alguna parte del index.php debes decir que modulo quieres cargar:
Código PHP:
$modulo = $_GET['mod']
switch ($modulo) {
case 'otromodulo'
// algo acá
break;
case 'search':
include('modulos/search.php');
// algo acá
break;
default:
// algo acá
}