Pues no sé del todo qué es lo que querés hacer, pero te paso un ejemplo según entendí:
Código:
<%
secuenciadevalorres = "1|2|3|4|5"
valor = Split(secuenciadevalorres,"|")
valor_comparado = 3
For i = 0 to ubound(valor)
if cint(valor(i)) = valor_comparado then
checked = "checked=""checked"""
end if
%>
<% = valor(i) %> <input type="checkbox" name="..."<% = checked %> /><br />
<%
checked = ""
Next
%>