Código:
if ((Form.link1.value!="") || (Form.link1.substr(0,6) !="htpp://"))
Lee sobre los
operadores lógicos de Javascript.
Estás usando un O (OR) en vez de un Y (AND).
Te mostrará el mensaje siempre que el campo no esté vacío.
Lo solucionás cambiando el || por &&
Saludos.