Webmin sí puede crear nuevos usuarios pero va con perl, no php.
Creo igual que todo sería cuestión de que tengas "exec" disponible y sepas la sintaxis del comando adduser y la forma del archivo /etc/password.
Ah, y por supuesto que el programa tendrá que correr como root, o no tendrá los privilegios suficientes.
Si tenés dudas más específicas, no dudes en preguntar
Saludos.