Al final he utilizado los menis COOLjsMenu
http://javascript.cooldev.com/scripts/coolmenu/
La aplicacion utiliza para los menus dicha biblioteca, y dispone de la posibilidad de utilizar menus popup.
Aunk la solucion sin utilizar dicha biblioteta es utilizar el metodo setTimeOut.
De esta manera siempre esperaria 1 segundo (o lo que le pases por parametro) antes de ocultarse, en caso de q el raton no siguiera encuima de algun menu.