Siento ser tan insistente, pero te estas complicando la vida con algo que es sumamente simple.
Todo proyecto, grande, pequeño, mediano o mega, se desarrolla en local, y solo una vez finalizado se monta en el server.
Ahora, si a pesar de que ese sea el conducto usual tu deseas hacerlo a tu manera, es decir trabajarlo en el server final, pues:
1. Trabajalo en una carpeta X ej:
http://misitio.com/carpeta/index.php
2. Busca en google o en el foro acerca de robots.txt, con eso podrás impedir que los robots de los buscadores indexen tu sitio.
3. Puedes proteger tu carpeta con contraseña.
Pero, piensa si todo esto vale la pena, por algo que tan solo escuchaste y que no tiene argumentos de peso (la inseguridad de las rutas reativas).
Saludos