Este my.cnf debe dar mejor resultado, no mucho más rendimiento pero si mejor uso de los recursos, de esta manera podrás usarlos en otro lugar (como aumentando el cache de eaccelerator tal como te sugerí)
Código:
[mysqld]
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
local-infile
old-passwords
safe-show-database
low-priority-updates
symbolic-links
#log-error=/var/log/mysql/error.log
#log-slow-queries=/var/log/mysql/slowquery.log
long_query_time=5
query_cache_type = 1
connect_timeout=10
max_connections=512
max_user_connections=512
max_connect_errors=20
max_allowed_packet=8M
key_buffer=128M
myisam_sort_buffer_size=64M
join_buffer=2M
record_buffer=8M
sort_buffer=4M
table_cache=1024
thread_cache_size=256
wait_timeout=1800
tmp_table_size=64M
query_cache_size=256M
query_cache_limit=16M
open_files_limit=4096
[safe_mysqld]
open_files_limit=8192
[mysqldump]
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
max_allowed_packet=16M
add-drop-table
extended-insert
quick
[myisamchk]
key_buffer=32M
sort_buffer=32M
read_buffer=16M
write_buffer=16M
[mysql]
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
disable-auto-rehash
connect_timeout=10
local-infile
quick
#unbuffered
#silent
[client]
port=3306
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
Por ahora creo que no voy a sugerir cambios en tu httpd.conf quizás alguien con más experiencia con Apache2 pueda sugerirte algo (lo siento, pero soy mejor con Apache 1.X y antes de sugerirte algo que no conozco del todo, mejor no decir nada)