Prueba mandar el
flush directo para mostrar el gif:
Código PHP:
<?php
echo "<img src='loading.gif'>";
flush();
exec('instrucciones bash hacia linux'); // esto es lo que demora unos segundos
?>
Ten en cuenta, creo que IE, necesita como mínimo 300 bytes de información para mostrarla en la página así que seria bueno si envías el img junto con todas las cabeceras de HTML.
Saludos.