Te recomiendo leer por acá
http://es.wikipedia.org/wiki/Partición_de_disco y luego volver con las dudas que tengas.
Podés perfectamente tener las 3 como primarias, creo que la wikipedia te va a orientar en ese sentido.
En cuanto a la "ventaja" de tener las 3, se supone que si tu /home está en una partición diferente, perfectamente podés cambiar de distribución sin necesidad de perder datos o tener que respaldar. En realidad, cualquier distribución
debería poder instalarse en un disco que ya contiene una carpeta /home sin tocarla.
Hay además razones históricas que vienen de Unix, se solía (y se suele) usar distintas particiones ubicadas en distintas máquinas que desde el "servidor" se vieran como 1 solo sistema de archivos. Fácil de administrar, fácil de reemplazar componentes con fallas con mínimo impacto sobre el sistema.
Te digo más: las carpetas /tmp y /var quizás deban llevar también sus propias particiones, ya que son las únicas en la raíz que necesitan acceso de escritura para un usuario normal.
En los viejos días de Unix (e imagino que no debe haber cambiado mucho) la carpeta /usr era de solo lectura.
En cuanto a la swap, dependiendo de la cantidad de memoria que tengas puede llegar a ser inútil: yo tengo 1 GB y decidí eliminar la partición de swap porque mi sistema no la utilizaba.
Un comentario extra: no hagas caso de los que dicen que hay que tener el doble de swap que la memoria RAM instalada, eso valía en los viejos días de las memorias de 32, 64 o 128 MB, no en la actualidad con memorias RAM de 1 o 2 GB (incluso 4). Tener 4 GB para swap no es más que un desperdicio de disco.
Si vas a tener swap y tenés una memoria RAM decente (>512 MB) te recomiendo, a lo máximo, una swap del mismo tamaño que la RAM.
Saludos.