problema con utf-8

[Blade_Stom]

Tengo todos mis archivos guardados en utf8. La base de datos, todas las tablas tambien las tengo en utf-8 pero cuando hago querys ..... las comas, tildes...no me las entiende y me las pone con "?" . Leyendo un poco por ahi avisaban de que a veces era necesario hacer lo siguiente antes de hacer una query

$this->conexion->set_charset("UTF8") ;

Es decir, decirle a la conexion con la base de datos, que use UTF8. De esta manera todo me ha funcionado correctamente. Pero no entiendo por que hay que hacer eso? si yo todo lo tengo guardado en UTF8, por que al hacer querys me devuelve cosas en LATIN? La BD la hago mediante phpmyadmin....por si sirve de algo........
nose....es como si no sirivera de nada que al crear las tablas le dijera que me lo guarde en UTF8...porque luego cuando hago querys normales...me lo escupe todo en latin.....

Saludos...