Una forma simple de hacerlo es así:
Código PHP:
<html>
<head>
<title>Titulo</title>
</head>
<body>
<div id="menu">
<a href="index.php?id=inicio">INICIO</a>
<a href="index.php?id=productos">PRODUCTOS</a>
<a href="index.php?id=contacto">CONTACTO</a>
</div>
<div id="contenido">
<?php
if (file_exists($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/modulos/$_GET[id].php"))
include($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/modulos/$_GET[id].php");
else include($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/modulos/inicio.php");
?>
</div>
</body>
</html>
Lo que hará esto es buscar dentro del subdirectorio "modulos" la página correspondiente, por ejemplo si tu url queda así:
www.tuempresa.com/index.php?id=productos
El script buscará el archivo "productos.php" dentro del directorio "modulos", en caso de no encontrarlo incluirá por defecto "inicio.php"
Lo que hace "$_GET[id]" es obtener el valor que se le asignó a "id" en barra de direcciones, en este caso "productos".
Es un ejemplo muy simple, cualquier cosa comentas y no hay problema en ayudarte :)
Saludos!