Lo que pasa es que primero debes de preguntar si esta la fila, y si existe entonces preguntas la columna:
Código PHP:
if( isset( $excel->sheets[0]['cells'][$fil] ) && isset( $excel->sheets[0]['cells'][$fil][$col] ) && ($excel->sheets[0]['cells'][$fil][$col] == "") ){
break;
}
Saludos.