El efecto de IN() no se percibe dentro de tablas reducidas.
Vamos a inventar un poco. Prueba esto:
Código:
SELECT archivo_id, count(*) etiquetas
FROM archivos_etiquetas
WHERE etiqueta_id IN(1,2)
GROUP BY archivo_id
HAVING etiquetas=2;
Te devolverá dos campos, pero debería devolverte en el primero la lista que necesitas.