Estás en lo correcto Valevo. Sobre el ponerla en páginas de segundo nivel, es por lo siguiente:
Los buscadores le brindan mayor importancia a las páginas que están apuntadas desde el index, ya que ahí van la mayoría de enlaces que apuntan a página.
En el caso de las páginas de segundo nivel el buscador no les brinda tanta importancia, por lo que son ideales para posicionarse en el Long Tail o larga cola, es decir para palabras clave de menor importancia -siendo en muchos casos palabras o términos que no se repetiran ni 2 veces en tu búsqueda. Por este hecho el poner el nombre de tu empresa en esas páginas no es tan importante ya que disminuye el Long tail y por ende pierdes visitas.
En el caso de los links de primer nivel se hace para que la gente vea y reconozca tu marca -muchas veces sin necesidad de dar clic en tu página-, aunque también puedes optar por no usarlas.
Espero se haya entendido
