Pues me parece raro el cotejamiento de las tablas lo puedes cambiar yo utilizo phpMyAdmin - 2.11.4 pero no veo porque tienes problemas con esto en la pagina de inicio del phpMyAdmin deberias poder hacer esto, otra cosa es el cotejamiento de las conexiones MySQL a ver te explico un poco de lo que tengo, yo utilizo un módulo para insertar noticias en una tabla de mi BD la cual tiene cotejamiento utf8_general_ci las noticias van con acentos, y demas caracteres, posteriormente en mi diseño listo las noticias por medio de una consulta en mi tabla y salen exactemente los caractéres, como tambien están en la BD sin ningun problema
Saludos.