No tienes porqué presentar los libros a mano, ya que los generados por ordenador hacen sus mismas funciones.
Es más, si exportas los datos de los asientos, balances, etc., a un formato estandar (word, excel, etc.), el Registro Mercantil de tu localidad te permitirá que los presentes online (al menos el
Registro Mercantil de Barcelona lo permite), que es quien en principio debe diligenciarte los libros, al estar sujeta tu entidad, al impuesto sobre sociedades (otra cosa es luego que tenga rentas exentas, pero como entidad, está sujeta al Impto s/Sociedades).
Si estás sujeto al Impuesto sobre Sociedades, deberás llevar los libros de contabilidad de conformidad con lo que establece el Código de Comercio, salvo que la legislación que regula el régimen fiscal de las entidades sin ánimo de lucro establezca otra cosa, aunque por el vistazo que le he pegado, no me ha parecido ver nada relativo a obligaciones específicas para con los libros contables.
Salu2