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, es un tema que ya se trato, basicamente lo que haces es en tu tabla de Usuarios, creas un campo que diga Activado, si lo pones en 0, es que no esta activado. Posteriormente mandas el email con un link a una pagina donde le envies el userID y al abrir la pagina pasas ese campo de 0 a 1, y vuala el usuario se activa.
Saludos.