hola, me imagino que tu consulta sea del tipo:
Código PHP:
"SELECT id.tabla1, registro.tabla1, id.tabla2, registro.tabla2 FROM tabla1, tabla2"
OK?
entonces lo que tienes que hacer es poner el ORDER BY por el campo que desees:
Código PHP:
"SELECT id.tabla1, registro.tabla1, id.tabla2, registro.tabla2 FROM tabla1, tabla2 ORDER BY registro.tabla1"
prueba asi.
saludos y suerte