Hola
Puedes abrir popups con javascript sin problemas, solo necesitas usar detectores de eventos y vínculos normales, de esta manera, si hay javascript disponible, se abrirá, y si no lo hay, el vínculo funcionará como uno normal, es decir, la ventana cambiará y mostrará el contenido.
Obviamente queda también de tu parte hacer el resto, es decir, poner una descripción adecuada del vínculo en la página de origen, indicar que se abrirá una nueva ventana, etc.
En este foro hay ejemplos y si miras en el de javascript, encontrarás otros tantos.
También puedes mirar
aquí.
Felicidad