opino que a base de golpes se aprende mucho. Es un buen metodo de aprendizaje
Sin verlo... no te puedo decir nada en firme, pero es posible que mejores tocando el my.cnf.
si ejecutas "uptime", obtendras el load average del ultimo minuto, 5 minutos y 15. ¿está mas o menos estabilizado? No es lo mismo que tengas un pico en un momento, a que tengas siempre un valor mas o menos estable...
con "top" podrás ver el porcentaje de tiempo de uso de CPU. quedate un rato mirandolo.... ¿usas mucha CPU?
con "free" puedes ver el estado de la memoria. ¿que tal está?
Podria ser que necesites mas ram, una cpu mas rapida, discos mas rapidos, o simplemente optimizar....
Otra opcion sería preguntar a tu actual proveedor, e incluso... plantearte cambiarlo si su soporte tecnico no es suficientemente bueno como para orientarte satisfactoriamente.
Echale un vistazo a los comandos que te he comentado antes, y postea (si quieres) los resultados que obtengas.