Usa controles de salida, como
ob_start() y
ob_flush() para enviar tu buffer, así podrás mandar tu cookie casi al final del script y la salida del texto se enviara hasta que tu llames a ob_flush().
Algo así:
Código PHP:
<?php
ob_start();
?>
contenido HTML
<?php
set_cookie( "micookie", $mival );
ob_flush();
?>
Saludos.