Hola
Intenta con un scaneo on line
http://www.kaspersky.com/kos/spanish/kavwebscan.html http://www.eset.com/onlinescan/
(pongo estos antivirus, ya que de acuerdo a la encuesta son los mejores, para que no me acusen de propaganda)
Seguramente el escaneo te dira donde y cuales son los archivos.
probablemente para eliminarlos necesitaras finalizar el proceso desde el administrador de tareas (crtl+alt+supr) de acuerdo a algun nombre que te de el escaneo online.
Tambien puedes probar en modo prueba de fallos