Primero tienes que tener bien claro cómo quieres que sea tu sitio. Debes comenzar desde el papel y posteriormente darte una idea de la estructura. Para eso yo hago una pseudo-plantilla en PowerPoint, acomodando los elementos como rectángulos que simularán los divs.
Ya cuando tienes bien claro cómo será la estructura y la acomodación de los elementos, crea los gráficos en photoshop y finalmente hazlo realidad. Te recomiendo comenzar por el marcado html y finalizar con CSS.
Claro, todos tenemos nuestras formas de organizarlos
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Saludos.