Puedes hacer un único archivo MP4 con varias pistas de audio y subtítulos seleccionables (en formato SRT), lo único que necesitas es tener los archivos individuales (pista de vídeo, pistas de audio, y subtítulos) y usar el YAMB para unir todo. Después en el reproductor que usen en el PC se podrá seleccionar el audio y subtítulos.
http://www.mundodivx.com/edicionsimple/yamb.php
Saludos