Hola, yo te recomendaria el componente para joomla ARTIO JoomSef,
http://extensions.joomla.org/compone...063/Itemid,35/
Es un poco lioso al principio y hay que trabajarlo mucho al principio. Primero vete a la configuracion del componente y despues puedes personalizar todas la urls. Habra una que te permita arreglar tu problema.
Teoricamente los componente que te generan el sitemap.xml te cogeran las urls amigables pero ve verificandolo. Despues de darle tu sitemap.xml a google es cuestion de esperar un poco. Yo recientemente lo he hecho para una web que tiene un poco mas de 300 urls y ya voy por 225 urls indexadas y cada dos o tres dias me coge 10 o 15 más.
Suerte.