En lo personal realizo el 'mock-up' (digamos: 'propuesta del sitio') en Photoshop primero. Las proporciones las manejas trabajando con Grids (o sin Grid, como gustes), y de acuerdo al estilo de Layout que utilizaras (Fixed - Liquid) para posicionar bien los elementos (valores que despues te sirven a la hora de aplicar estilos).
Seguidamente procedo a realizar la codificacion XTHML (Estructura) y verificar que la misma es accesible y valida.
Luego a aplicar el CSS (Presentacion), valiendome de las proporciones y estilos elaborados en el mockup, y finalmente validandola.
Pero hablando de expertos:
Jesse Bennett-Chamberlain publico el proceso de creacion de un sitio, del cual se aprende mucho:
http://www.digital-web.com/articles/redesigning_the_expressionengine_site/
