Hola:
Suponiendo que tienes en php las variables $hora, $minutos y $segundos... sería:
<script >
var hora = <?=$hora; ?>;
var minutos = <?=$minutos; ?>;
var segundos = <?=$segundos; ?>;
function actualizar_hora() {
if (++segundos == 60) {
segundos = 0;
if (++minutos == 60) {
minutos = 0;
hora++;
}
}
document.getElementById(id).innerHTML=hora + ":" + minutos + ":" + segundos;
}
setInterval("actualizar_hora()", 1000);
</script>
Lo puse a pelo, así que puede tener algún fallo, pero creo que debe funcionar bien.
Saludos