Si te referís a las referencias como se entienden en php, sólo se producen en arrays. En otros casos no, como puede verse aquí:
Código PHP:
<script>
var a = [ 'a', 'b', 'c' ];
alert(a); //a,b,c
var b = a;
alert(b); //a,b,c
b.push('d');
alert(b); //a,b,c,d
alert(a);//a,b,c,d->a se ha modificado al modificar b
c='hola';
alert(c)//hola
d=c;
alert(d)//hola
d='chau';
alert(d)//chau
alert(c)//hola->c no se modifica aunque hemos modificado d
</script>