Bueno. El tema es que las claves foráneas (FK, que son PK en su tabla de origen y son parte del modelo E-R), no son parte nativa de MyISAM. Eso no quiere decir que no se pueda hacer, pero el tema hay que administrarlo.
Tal vez este artículo te aclare un poco más el panorama:
Enforcing Foreign Keys Programmatically in MySQL