claro que si, pero necesitas inicializar el timeout cuando se carga la página.
function hora(id){
var fecha=new Date();
document.getElementById(id).innerHTML=fecha;
}
function llamarHora(){
hora('reloj');
setTimeout("llamarHora()",1000);
}
<body onload="llamarHora()">
<div id='reloj'>
</div>
</body>
Usar este metodo hara l que tu deceas, pero tiene algunos inconvenientes cuando en tu pagina hay imagenes muy grandes, pues el evento onload se ejecuta una vez que todo esta descargado, si este es un problema para ti, te recomendaria utilizar algun framework javascript que soporte el evento domready, por ejemplo mootools
http://demos.mootools.net/DomReadyVS.Load
have funnnnnnnn
