Sucede que los valores aleatorios de tu ejemplo pueden ser 0,1 ó 2. y el índice cero no existe en tus arrays:
Código PHP:
images = new Array;
images[1] = "FOTO1.JPG";
images[2] = "FOTO2.JPG";
images[3] = "FOTO3.JPG";
links = new Array;
links[1] = "URL 1";
links[2] = "URL 2";
links[3] = "URL 3";
Como ves, empiezan con 1. Incluso FOTO3.jpg nunca te aparecerá.
Cambiá los índices de esta manera:
Código PHP:
images = new Array;
images[0] = "FOTO1.JPG";
images[1] = "FOTO2.JPG";
images[2] = "FOTO3.JPG";
links = new Array;
links[0] = "URL 1";
links[1] = "URL 2";
links[2] = "URL 3";