Si, esos logs debería poder borrarse sin tener ninguna incidencia sobre el sistema, son solo logs, o sea, volverán a generarse con el correr de los minutos/horas.
Suponiendo que estás corriendo un sistema RedHat o CentOS, puedes hacer esto, que detendrá apache, borrará los logs y iniciará nuevamente el servicio:
Código:
/etc/init.d/httpd stop
sleep 8
rm /usr/local/apache/domlogs/* -rf
/etc/init.d/httpd start
Saludos,