Hola, la instalacion del driver de NVIDIA en linux es mas sencilla de lo que parece, lo he ensayado en Opensuse 10.2 y en Kununtu 7.10 y como Kubuntu es un derivado de Debian entonces asumo que te servira.
El proceso es el siguiente
1. Ir a la pagina de NVIDIA
http://www.nvidia.es y buscar el controlador, eso esta en el menu controladores, descargar controladores, ahi escoges la serie de tu tarjeta es decir GeForce y luego Gefoce 6 Series , sistema operativo Linux 32 o 64 bits se gun corresponda, y el idioma ya sabemos que no impora, pues la tarjeta no sabe hablar ni ingles ni español ni chino, asi que escoge el que quieras ;). Le das buscar y descargas el link que tiene el nombre del archivo .run es decir, el del paso 2.
2.Nos adeguramos de que tengamos estos paquetes instalados:
a. Compilador de C es decir el paquete gcc
b. El codigo fuente del Kernel de Linux es decir el paquete linux 2..... la version que tengas instalada del kernel.
3. Ahora que lo has descargado simplemente lo copias en el directorio del usuario root o el usuario que tenga permisos de administracion.
4. Sales de la sesion grafica, es decir, cierras sesion y cuando estes la ventana de los usuarios, buscas una opcion que diga algo asi como iniciar en consola o en modo consola, no se como sera en Debian, pero en Kubuntu hay una opcion que me deja entrar sin entorno grafico. En fin lo que toca hacer es asegurarse de que el entorno grafico no corra y podamos iniciar sesion en la cuenta en la que dejamos el archivo e iniciar sesion por consola.
5. Nos ubicamos en el directorio en donde esta el archivo ,run y le damos permisos de ejecucion ( chmod 777 archivo.run me corrigen si no es asi), y lo ejecutas eso se hace asi: ./archivo.run
6. El programa pide los modulos compilados de Nvidia para el kernel, le decimos que no los tenemos, que los compile. El programa los compila automaticamente , eso demora un tiempo, ten paciencia.
7. Luego que el programa termina su tarea, no recuerdo si hace unas preguntas, pero si has descargado el driver correcto, la instalacion termina con exito y puedes iniciar de nuevo el servidor X, pero para no complicarte la vida reinicia el sistema eso se hace mediante el comando reboot.
Cuando inicies de nuevo el sistema, el driver estara instalado y podras aprovechar el poder de tu NVIDIA.
Con respecto al JDK, yo siempre he instalado el que viene en el repositorio y funciona generalmente bien, lo que no te recomiendo es que instales versiones parecidas del jdk, es decir no instales ell jdk 1.6 update2 y el jdk 1.6 update 4 porque a veces hace cosas locas, realmente tuve problemas con eso, asi que no puedo darte mas detalles de esa instalacion, ese tema se lo dejo a alguno de nuestros amigos de forosdelweb que pueda ayudarte mejor.
Espero haberte ayudado, no dudes en preguntar de nuevo si es necesario.
;)