Prueba esto en tu bootstrap (index.php):
Código PHP:
<?php
/*
*Error reporting
*/
error_reporting(E_ALL|E_STRICT);
date_default_timezone_set('America/Lima');
ini_set('display_errors', 'on');
ini_set('include_path', ini_get('include_path').';./library');
ini_set('include_path', ini_get('include_path').';./application/models');
var_dump( $_GET );
/*
*Zend Loader
*/
$baseUrl = substr($_SERVER['PHP_SELF'], 0, -9);
include "Zend/Loader.php";
Zend_Loader::loadClass('Zend_Controller_Front');
$front = Zend_Controller_Front::getInstance();
$front->setBaseUrl($baseUrl);
$front->setControllerDirectory('./application/controllers');
$front->throwExceptions(false);
$front->dispatch();
y pega aqui lo que te da, con eso podremos ver si el mod_rewrite esta funcionando correctamente.
Saludos.