Hola:
Guarda en una variable la fecha/hora actual antes del bucle y en otra después. Luego haz la resta
Código:
long t1 = System.nanoTime();
// aqui tu bucle
long t2= System.nanoTime();
System.out.println ("Ha tardado " + (t2-t1) + " nano segundos");
Lo de nanosegundos es ficticio. La precisión, según dice la API, es la máxima que sea capaz de dar tu sistema operativo.
Se bueno.