Hola aruizroldan.
En la siguiente línea de tu código javascript "window.open(......)" escribe esta linea:
window.parent.close()
Le das a Guardar el archivo con la modificación realizada y pruebas de nuevo de actualizar la página principal. Verás que una vez que se te carge el popup se cerrara automáticamente tu ventana principal desde donde cargo el popup.
Espero que te haya servido
Un saludo.
Tecno@dvance.