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Iniciado por marcianus 
Aprovecho el post de java para comentar mis dudas con java y Ubuntu server 7.10:
1. He instalado el jdk 1.6_u4 de la web de sun y lo ejecutado el instalador (bin) con privilegios de admin en /usr/local. Se ha descomprimido correctamente pero me imagino que algo mas hay que hacer porque "no aparece por ningun lado" ya que intentaba intalar netbeans 6.0.1 y "no me encontraba" ninguna maquina virtual para poder instalarse. Supongo que es un problema de variables de entorno que no he sico capaz de en contrar o configurar.
2. He tirado por la segunda opcion que ha sido buscar un paquete de java instalable en ubuntu mediante apt-get y he encontrado el jdk_1.6 (update 3). Este se ha instalado prefectamente (tambien he elegido /usr/local) ya que en la consola si ejecuto java -version aparece este como maquina virtual por defecto. La duda es que no se localizarlo fisicamente en el arbol de directorios de mi maquina.
3. Gracias a la instalacion de 2. he podido instalar netbeans 6.0.1 (tambien en /usr/local). Lo ejecuto sin problemas mediante el script netbeans de /usr/local/netbeans/bin. Todo perfecto salvo que si miro las propiedades de la plataforma java que emplea para compilar me dice que esta empleando la Plataforma java de 1.6_u4 (la que se encuentra en /usr/local/1.6.0_u4/bin/jre), lo cual me parece curioso ya que supongo que deberia haber empleado la utilizada para la instalacion, la u3 que es la que esta correctamente configurada para su uso. Lo unico que se me ocurre es que he empleado el paquete netbeans "full" y que este haya instalado tambien el jdk u4 en la misma ubicacion que yo habia elegido para su instalacion previa (punto 1) de forma independiente (aunque me parece muy casual). Quiero añadir la Plataforma jdk1.6.0_u3 para poderla elegir para compilar proyectos pero no conozco su ubicacion exacta (ver 2).
4. como se añade (si es posible) algun "acceso directo" al escritorio gnome para arrancar netbeans (sin tener que ir a buscar el script a su ubicacion en el arbol de ficheros?
Perdon por el rollo y gracias (solo llevo un par de dias con Ubuntu).
Solucionado puntos 2 y 3 ("maomeno"). Gracias a la instalacion del jdk y netbeans en otro equipo desde el repositorio de synaptic he localizado las carpetas que por defecto se emplean para la instalacion de jdk.