Quizás podrías conseguir algo si tienes todos tus dominios alojados en la misma máquina, tal y como explican en
este otro foro.
Otra posibilidad, aunque no sé si sería aplicable a tu caso, es utilizar el atributo file de appSettings, pero creo que sólo hace inclusiones de otros archivos de configuración que estén el mismo sitio.
Y si no
haz un programa que te suba por FTP el web.config modificado a cada uno de tus sitios... (¿locura....? puede)
Un saludo y suerte.