En principio .. el fichero my.ini solo contiene un poco de configuracion y es la q se toma por defecto al iniciar Mysql (por lo menos en windows) ...
Te hacia mencion al otro fichero el mysql.cfg (q está bajo el directorio /bin de tu instalacion de Mysql, confundi el nombre xD). En ese fichero estan todas las variables de configuracion q usa Mysql ..
En teoria .. lo q se tendria q hacer es pasar las lineas q uses del .conf al .ini .. o bien usar winMysqlAdmin q es el gestor de Mysql para windows q genera ese my.ini ..
En el manual de Mysql .. tienes todas esas definiciones:
<a href='ir.asp?http://www.mysql.com/doc/en/Command-line_options.html' target='_blank'>http://www.mysql.com/doc/en/Command-line...</a>
Date cuenta q habla de "linea de comandos" .. para el caso toma como referencia mysql.cfg
Un saludo,