Hola:
La "opuesta" a appendChild() es removeChild()... si quieres borrar el primer div que hay en "capa", sería:
laCapa = document.getElementById("capa");
cuadradito = lacapa.getElementsByTagName("DIV")[0];
laCapa.removeChild(cuadradito);
Pero me parece que quieres hacer algo bastante complejo para los conocimientos que pareces tener (de todos modos puedes intentarlo
)
Si tienes problemas no dudes en consultar.
Saludos
