Existen varias formas de lograr lo que deseas...
1. Por medio de Base de Datos.
2. Con archivos XML
3. Con archivos de configuracion o inc
La eleccion que tengas tiene sus ventajas y desventajas, particularmente he usado la primera... Solo tienes que definir la tabla, y que te servira de menu, y niveles..
tablas
1. nivels
2. menu
3. usuarios
nivel:{id_nivel, nivel}
menu{id_menu, titulo, id_nivel, menu,sub_menu}
usuarios{id_usuario,nombre,clave,id_nivel}
Lo unico que debes hacer es la busqueda de los menus segun el nivel...