La verdad, si no sabes en qué formato/codec importas exportas, y solo conviertes los archivos por convertirlos, no llegarás muy lejos con el video...
Debes de saber qué es lo que estas haciendo y qué parámetros estas seleccionando para tener resultados correctos...
Por defecto AE exporta en Formato AVI con el primer codec de la lista, así que puedes tener un AVI con Cinepack de mucho peso y poca calidad o un AVI sin compresión de varios gigas y calidad extrema... O el que este primero en la lista...
Lee un buen manual de configuración de renderizado, formatos, tipos de codecs... No se, no te puedo dar soporte si lo vas a solucionar instalando packs para ver qué sale...