Supongo que seria buena idea revizar el proceso del DTS, que es lo que ejecuta, contra que tablas u objetos, etc, e identificar el punto donde se tarda mas para descartar que la variacion de tiempo no sea generada por el codigo del mismo DTS.
Ya que aun siendo un solo registro, si de ahi toma informacion para afectar algun objeto que esta bloqueado, el proceso se retrazara esperando a que se libere el objeto en cuestion...
Saludos!