Lsito muchachos un man de mi trabajo me dio la solucion la coloco por si a alguien le puede servir.
Era colocar eso antes del select
set dateformat ymd
asi
Código PHP:
$CrgEventos = mssql_query("set dateformat ymd; select * from Eventos where Fecevento Between '$FecInicio 00:00:00' and '$FecFinal 23:59:59' order by Fecevento desc, Codevento desc");
Suerte y gracias por sus ayudas