Esto es una réplica de la estructura que colocaste como print_r, y funciona correctamente:
Código PHP:
<?php
$algo=array(
array('cod_empresa','num_identificacion','razon_social','representante','tipo_empresa','telefono','direccion'),
array(1,805029800,'Empresa 1','Juliana','Propia','475-89-96','Cr. 9 No. 9-54'),
array(2,14528964,'Empresa 2','Diego','Propia','4516789','Cll 1 No. 13-27')
);
?>
<script>
obj=new Function('return <?php echo json_encode($algo) ?>')();
alert(obj[1][3]); //devuelve Juliana
alert(obj[2][2]);//devuelve Empresa 2
</script>
Ahora, si el print_r es otro, mostranos y vemos.