Como tratar relacion N a N ??

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tblEmpresa: IdEmpresa
tblCliente: IdCliente
tblClienteEmpresa: IdCliente, IdEmpresa

Así manejarás en N a N.

Ahora, si quieres que al dar de alta en un lugar se replique en otro entonces eso escapa de la teoría de N a N. Pero tienes al menos dos maneras de realizarlo:

1) Que tu aplicación se encargue y en el SP (usas SP ¿cierto?) que inserta el registro se encargue de hacer la segunda alta.

2) Te metes con triggers para que la tabla replique a la otra inmediatamente en cada insert/update/delete.