Yo he leido que la transparencia de los ficheros PNG está soportada por IE7 (y Firefox), pero no por IE6.
Aunque yo no lo he probado personalmente, al parecer hay un workaround utilizando un fichero .gif transparente de 1px. En ésta página explican como hacerlo:
http://www.devpub.com/making-png-ima...in-ie6-t2.html