Gracias, ya lo he solucionado, aunque de una forma un poco trapera. Lo que he hecho es meter el javascript dentro del while que me creaba los registros, y asi si que pilla la variable php, lo que pasa es que crea tantos scripts como registros haya...
Código PHP:
<?while($row=mysql_fetch_object($result)){
$cont++;
?><script language="javascript">
function borrar<?echo $cont?>(){
if(window.confirm("Seguro que deseas eliminar?")){
location.href = "procpre.php?delete=1&id=<?echo $row->id?>";
}
}
</script>
<?
$i = 1; /*......
aqui ya el codigo php que muestra los registros
....*/
echo "<input type=\"button\" class=\"boton\" value=\"Eliminar\" onclick=\"borrar$cont()\">?>
Asi tengo borrar1(), borrar2()....
Si se os ocurre una solucion mejor...