Debe ser por que se sigue ejecutando alguna función o codigo indefinidamente y (no se como decirlo bien) el "redibujado" del cursor no llega a realizarce por completo, es decir, se ejecuta algún código antes que se dibuje el cursor.
este problema lo podemos ver en varios programas (por ejemplo word de Microbill:) cuando está revisando la gramatica mientras se escrive a los cerebritos se les olvidó tener en cuenta este problema
Saludos
PD No tengo nada en contra del imperioBill