Tendrá que ver con el estilo z-index: 90; que se le da por defecto a overlay. Aumentalo en la hoja de estilos o disminuí el z-Index del menú a un valor inferior a 90.
Edito: son varias las capas a considerar. La cuestión es que una vez que accedés a la imagen vista en lightbox, si escribís esto en la barra de direcciones:
Código PHP:
javascript:document.getElementById("overlay").style.zIndex=document.getElementById("lightbox").style.zIndex=document.getElementById("outerImageContainer").style.zIndex=document.getElementById("imageContainer").style.zIndex=document.getElementById("lightboxImage").style.zIndex=900;void(0);
y luego hacés click en el botón ir del navegador, el problema se corrige, de manera que es cuestión de cambiarle el zIndex a toda las capas que aparecen en ese código.